คณะศาสนาและปรัชญา เป็นส่วนงานจัดการศึกษาและบริหารงานของมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ในอดีตงานทุกอย่างขึ้นอยู่กับสำนักงานเลขาธิการเป็นส่วนใหญ่ นับตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๘๙ เป็นต้นมา คณะศาสนาและปรัชญาอยู่รวมกับสำนักงานกลางมาเป็นเวลา ๔๕ ปี
ครั้นต่อมาปี พ.ศ. ๒๕๓๔ จึงได้แยกออกมาเป็นสัดส่วน มีสถานที่ทำงานเป็นเอกเทศ การทำงานก็เริ่มเข้าระบบและมีความคล่องตัวมากขึ้น ท่านบูรพาจารย์และผู้บริหารทุกท่านตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบันนี้ มีความผูกพันกับคณะและมหาวิทยาลัยแห่งนี้เป็นที่ดียิ่ง ได้อุทิศชีวิตพร้อมทั้งกำลังกาย กำลังทรัพย์ และกำลังสติปัญญา ให้กับมหาวิทยาลัยนี้มาเป็นเวลาอันยาวนาน ซึ่งเต็มไปด้วยความเสียสละอันยิ่งใหญ่เพื่อมุ่งสร้างศาสนบุคคลอันเป็นทรัพยากรสำคัญของชาติและผลิตผลให้มีพระนักศึกษาและนักศึกษาทั่วไปมีคุณภาพเป็นกำลังของพระศาสนาและประเทศชาติต่อไป
